Le vaisseau de secours accoste le Tantive 4. Obi Wan y retrouvera le sénateur Organa et maître Yoda à son bord. Obi Wan est très inquiet au sujet de ses compagnons d’armes et demande dès son arrivée des nouvelles des autres Jedi. Organa et Yoda ne savent que peu de choses. Un message automatique a été envoyé à tous les Jedi partis en mission de rentrer au temple Jedi. Le message expliquant que la guerre est finie. Les Jedi qui suivent les directives de ce message vont en fait droit dans un piège qui les mène à leur perte. Le sénateur reçoit un message de Mas Ameda de la part du chancelier. Palpatine ouvre une session extraordinaire au sénat et tous les politiques y sont conviés.
Organa accepte l’invitation. Yoda et Obi Wan décident d’aller au temple Jedi pendant la session parlementaire.
Dark Vador atterrit sur Mustafar. Il demande à R2 de surveiller la vaisseau pendant qu’il se dirige vers la salle de réunion. Les séparatistes ont été prévenu de l’arrivée du nouvel apprenti de Sidious et l’accueillent poliment. Vador se sert ferme toutes les issues de la pièce où ils se trouvent et se met au travail. Aucun séparatiste ne survivra. Au temple Jedi, Obi Wan et Yoda combattent les soldats clones et entrent dans le temple. Au sénat, Palpatine conte aux sénateurs présents comment les Jedi ont tenté de prendre le pouvoir. Bail Organa arrive avec un peu de retard et prend place aux cotés de Padme Naberrie Amidala.
Obi Wan et Yoda traversent le temple Jedi et découvrent l’étendu du massacre. Aucun Jedi n’a survécu à l’attaque. Les corps reposent à même le sol. Il y en a partout. Le vieux maître découvre que certains d’entre eux ont été tués avec un sabre laser. L’inquiétude se lit sur le visage d’Obi Wan qui demande qui cela peut il bien être, bien qu’il commence à s’en douter.
Au sénat, Palpatine déclare que l’attentat dont il a échappé lui as coûté des blessures profondes et irréversibles mais que sa détermination n’a jamais été aussi grande. Le chancelier parle d’accroître la sécurité de ses sujets. Il explique que la République va être réorganisée sous la forme du premier empire galactique pour une plus grande sécurité et une meilleure sociabilité. Un déchaînement d’applaudissements se fait entendre dans le sénat. L’Empire galactique est né. Padme est atterrée, elle confie à Organa que ce sont toutes leurs valeurs qui s’effondrent.
Au temple Jedi, Obi Wan a reprogrammé le code envoyé aux Jedi en mission. Le nouveau message les exhorte à ne pas revenir et leur explique la situation. Obi Wan doit désormais en avoir le cœur net, il doit savoir si son apprenti est bien responsable de toutes ces atrocités. Il visionne les enregistrements de sécurité et découvre que ses craintes étaient bien fondées. Il ne peut en regarder d’avantage et coupe la transmission. Obi Wan ne veut et ne peut pas tuer celui qu’il appelle encore Anakin Skywalker. Yoda lui explique qu’il n’est pas assez puissant pour combattre Dark Sidious. C’est donc au vieux maître qu’incombe la tache de tuer le maître Sith. Obi Wan quand à lui se voit obliger de se charger d’Anakin.
Obi Wan rend donc visite à Padme dans ses appartements, espérant avoir des nouvelles de son ancien apprenti. Obi Wan apprends à la jeune femme que Skywalker a succombé au coté obscur. La sénatrice ne le croit pas, elle n’arrive pas à le croire plutôt, mais elle ne dit rien pouvant trahir son mari. Elle a trop peur qu’Obi Wan cherche à le tuer. Obi Wan demande à Padme si il est le père de son enfant, elle ne répond pas mais le maître a déjà compris. Padme est très tourmentée par ce qu’elle vient d’apprendre. Elle demande à faire préparer son vaisseau personnel et part précipitamment pour Mustafar. Obi Wan l’ayant suivi embarque discrètement dans le vaisseau. Le vaisseau décolle avec C-3PO aux commandes.
Sur Mustafar, Dark Vador aperçoit sur le radar le vaisseau de Padme juste après avoir terminé sa conversation avec l’Empereur. Il court vers le vaisseau et y retrouve Padme qui vient juste de débarquer. Padme explique à son mari qu’Obi Wan est passé la voir et lui raconte tout ce qu’il lui as dit. Anakin ne nie pas les accusations qu’Obi Wan a put lancer. Il justifie ses actes avec son désir de la sauver. Padme demande à son mari de partir avec elle, loin si il le faut pour qu’ils puissent vivre heureux. C’est alors que Vador commence à délirer. Il affirme à Padme qu’ils n’ont plus besoin de se cacher de quiconque. Qu’ils peuvent vivre leur amour au grand jour. Qu’il va devenir encore plus puissant qu’il ne l’est maintenant et qu’ils pourraient même régner ensemble sur la galaxie toute entière. Padme commence à avoir peur. Elle ne reconnaît plus son mari. Elle reconnaît qu’Obi Wan avait dit vrai. En entendant le nom de son ancien maître l’humeur de Vador change brutalement. Il reproche aux Jedi de lui avoir tourné le dos et dit clairement à sa femme qu’il ne veut pas qu’elle fasse de même. Padme éclate en sanglots, elle supplie son mari de revenir avec elle et lui assure qu’elle l’aime. C’est alors que Dark Vador crie au mensonge en voyant Obi Wan en haut de la rampe d’accès du vaisseau. Padme se retourne et essaye d’explique qu’elle n’a rien a voir avec la présence du maître Jedi ici mais son mari ne l’écoutes plus désormais. Il commence alors à l’étrangler à distance avec la Force. Obi Wan lui ordonne de la lâcher à plusieurs reprises, chose qu’il fera et Padme s’écroulera sur le sol, inconsciente.
Une querelle entre les deux anciens amis éclate. Dark Vador accuse son ancien maître d’avoir retourné Padme contre lui. Obi Wan lui répond qu’il la fait lui-même en devenant un seigneur Sith et en tournant le dos aux valeurs qu’il avait acquise auparavant. Vador délire, il est sur d’avoir rétabli la paix et la justice avec son nouvel Empire. Obi Wan lui conjure d’arrêter, que son nouvel Empire spolie la démocratie que constituait la République. Anakin tourne le dos à son maître alors et lui lance « Soit tu es avec moi, soit tu es contre moi ». Cette phrase sonne comme un coup de tonnerre. Obi Wan est désormais résigné à affronter son ancien disciple et il allume son sabre laser. Anakin se jette sur son maître, le combat des deux frères commence.
Des enchaînements rapides et une magnifique démonstration des pouvoirs Jedi illustrent ce combat. Les prises se font et se défont. Les échanges de coups se font avec une rapidité déconcertante. Les deux adversaires ont le même style de combat et cela se ressent. Au même moment sur Coruscant, Yoda entre dans le bureau de l’Empereur après avoir malmené sa garde personnelle. Palpatine fait alors preuve d’une grande arrogance. Il jette des éclairs de Force sur Yoda qui est projeté contre le mur du fond et chute lourdement sur le sol. Yoda se relève et projette Palpatine avec la Force à son tour. Leur combat au sabre laser débute.
Les deux duels se déroulent en même temps sur les deux planètes. Chacun des participants à un adversaire à sa hauteur. Tantôt l’un domine, tantôt il est dominé. Le duel opposant Dark Vador à Obi Wan est plus porté sur le coté physique alors que le duel opposant Palpatine à Yoda est plus porté sur les pouvoirs spirituels de la Force. Sur Mustafar, le duel a conduit les deux protagonistes dans les salles de commandes de l’usine. Les machines sont accidentellement mises en marche. Sur Coruscant, le duel opposant Yoda à l’Empereur conduit les deux protagonistes dans la chambre du sénat. Palpatine utilise la Force pour lancer des capsules sénatoriales sur Palpatine. Capsule après capsule Yoda esquive jusqu’a qu’il en part une et la renvoie à son expéditeur. Yoda rejoint son adversaire sur une capsule. Palpatine lui envoie des éclairs de Force à bout portant et il les part à mains nues. Les forces concentrées sont très violentes. Yoda brise l’équilibre maintenu dans un regain d’énergie et les deux adversaires sont littéralement expulsés aux deux extrémités de la pièce. Palpatine est aculé dans les capsules tandis que Yoda chute une vingtaine de mètres plus bas. Le vieux maître se rattrape à la capsule du chancelier puis glisse à nouveau et chute lourdement sur le sol. Le vieux maître est à bout de forces. Il s’échappe et contacte Bail Organa afin qu’il vienne le récupérer. Palpatine lance ses troupes à la recherche du Jedi et confie à Mas Ameda qu’il doit partir sur Mustafar. Il sent que son nouvel apprenti est en danger.
Sur Mustafar, Dark Vador et Obi Wan s’affrontent désormais juste au dessus de la lave. Ils sont tous deux placés sur des mini plates formes mobiles situées à peine à un mètre au dessus de la roche en fusion. Obi Wan parviens à sauter suffisamment loin pour regagner la rive. Il a désormais l’avantage et conjure son ancien apprenti de ne plus rien tenter. Dark Vador, trop confiant en ses pouvoirs, tente de sauter par-dessus Obi Wan mais le maître Jedi lance son sabre au moment où il passe par-dessus lui. Vador chute lourdement sur la rive. Ses deux jambes et son bras gauche ont été coupées sur le coups. Son corps meurtri glisse et se rapproche dangereusement de la lave. Vador pousse des hurlements et tente de se hisser hors de danger avec son bras droit. Obi Wan éteins son sabre et lance tout ce qu’il a sur le cœur à Anakin. Le jeune Vador le regarde avec les yeux gonflés de sang. Dans un cri de souffrance il lui hurle qu’il le hait juste avant de se rapprocher de la lave. Son corps s’embrase. Obi Wan détourne le regard, il ne peut assister au spectacle et s’en va.
Maître Kenobi retourne au vaisseau de Padme et s’empresse de décoller. Elle a besoin de soins d’urgence. Obi Wan prend contacte avec le Tantive 4 et les informe de son arrivée. Palpatine atterrit quelques instants après leur départ et découvre so apprenti. Il constate qu’il est toujours en vie et ordonne a son escorte de le récupérer dans une capsule où il pourra être soigné. Dark Vador est rapatrié en urgence sur Coruscant où il sera soigné.
Sur le Tantive 4, peu de temps après son arrivée, Padme est emmenée à l’infirmerie où elle commence à accoucher. Le droïd médecin annonce à Obi Wan, Yoda et Bail Organa qu’elle est enceinte de jumeaux. Sur le plan médical elle se porte bien mais elle est tout de même en train de mourir. Elle n’a plus la volonté de vivre.
Chacun de leur coté, les époux Skywalker souffrent. Anakin est en train de se faire cybernétiser pendant que Padme accouche. Le premier bébé à naître sera un garçon : Luke. Le deuxième enfant est une fille, Padme lui donne le nom de Leia. Padme est à bout de souffle. Ses dernières pensées vont vers Anakin. Dans un dernier souffle elle assure à Obi Wan qu’il reste du bon en Dark Vador puis meurt sur la table d’opération. Sur Coruscant, l’armure de Vador est désormais assemblée. La table d’opération s’incline jusqu'à qu’elle se stoppe à la verticale. Dark Vador tourne la tête vers son maître et demande des nouvelles de Padme. Palpatine lui apprends que dans son accès de colère il a tué sa propre femme. Dark Vador laisse aller ses émotions et sa colère se déchaîne. Il arrache les attaches le retenant à la table d’opération et hurle de désespoir. L’Empereur a gagné, Anakin a définitivement basculé dans le coté obscur de la Force.
Sur le Tantive 4, quelques instants après le décès de Padme, Obi Wan, Yoda et Bail Organa se concertent sur l’avenir des enfants. Bail Organa propose d’adopter la fille, Leia. Yoda propose à Obi Wan de retourner sur Tatooine pour emmener le très jeune Luke à sa famille, chez les Lars. Obi Wan propose de veiller sur Luke. Juste avant de partir, Yoda l’interpelle et lui propose de s’entraîner pendant qu’il patientera sur Tatooine. Yoda révèle alors à Obi Wan que Qui Gon Jinn, l’ancien maître d’Obi Wan, lui as appris à ne faire qu’un avec la Force après la mort et à pouvoir communiquer avec les siens et propose de lui enseigner.
De leurs cotés, les droids C-3Po et R2-D2 accompagnent le sénateur Organa. Organa les présentera au capitaine Wedge Antilles comme étant les nouveaux droids de sa fille Leia et qu’ils doivent être révisés et qu’après ça, la mémoire du droïd protocolaire doit être effacée.
Sur Naboo, les funérailles de Padme Naberrie Amidala attirent beaucoup de monde. L’ancienne reine des Naboo est étendue dans son cercueil. Elle a entre les mains la petite pièce que le jeune Anakin Skywalker lui avait sculptée dix ans auparavant. Un long cortège funéraire la suit en silence vers sa dernière demeure.
A bord d’un destroyer, Dark Vador, Palpatine et Wilhuff Tarkin supervisent le chantier de construction de l’Etoile Noire.
Le sénateur Bail Organa rentre chez lui sur Alderaan où il présente la jeune Leia (Leia Organa Solo) à sa femme.
